Inicialmente chamado Caiçara, o município de São Rafael começou num aldeamento indígena, nas proximidades do rio Piranhas. Por estar nas vizinhanças do rio, logo suas terras foram aproveitadas para a criação de gado e para a plantação de lavouras, fazendo surgir um bom contingente populacional, em meados do século XVIII. O Capitão João Francisco da Costa era grande proprietário das terras de Caiçara, em 1765.
O frei Serafim de Catânia, missionário capuchinho presente na área nos anos de 1845 e 1850, mudou o nome da localidade para São Rafael. A mudança não foi bem aceita, inicialmente, pela população.
Em 1858 foi criada uma escola de alfabetização chamada Cadeira de Primeiras Letras, que ensinava ao povo o nome Caiçara, ignorando a denominação imposta pelo frei capuchinho. Mas São Rafael foi o nome que prevaleceu oficialmente.
Os mais antigos destacaram a participação sempre otimista e desbravadora do grande incentivador Luiz Martins de Oliveira Barros, que teve decisiva participação na construção do cemitério público em 1908, na edificação do galpão feito para a realização de feiras, na construção da igreja, da casa paroquial e na instalação dos serviços postais e telegráficos.
Já bem estruturada, a localidade de São Rafael passou à condição de distrito de Santana do Matos no ano de 1938.
Em 23 de dezembro de 1948, através da Lei no 146, São Rafael conquistou sua emancipação política, desmembrando-se de Santana do Matos e tornando-se município do Rio Grande do Norte.

Fonte: idema.rn.gov.br