Os primeiros habitantes da região do antigo território do município de São José do Rio Claro foram quatro povos indígenas: paresí, aríno, beiço-de-pau e rikbákta. No tempo da história escrita, a área que constituí território do atual município de São José do Rio Claro teve movimentação de garimpo, alguns anos depois da descoberta de ouro em São Gonçalo Velho e Forquilha - berços de Cuiabá. No rio Arinos, a 30 quilômetros aproximadamente acima da barra do Rio Claro, se estabeleceu um garimpo de ouro e centro de irradiação para preia de índios, - os povos aríno e paresí.
A tomada de posse da região de São José do Rio Claro, com o fito de colonização e estabelecimento de município se deve a Domingos Briante e à sua família.
A Lei n.º 3.734, de 4 de junho de 1976, criou o distrito, jurisdicionado à Diamantino. Precisamente nesta época surgiram alterações na formação social dos moradores, enquanto os processos produtivos deslancharam. A região foi especialmente beneficiada com financiamentos para o cultivo de seringueiras de enxerto, de onde extrai-se o látex. Quando uma família produzia mais borracha, passava a adquirir mais terras, implantar mais seringais, adquiriam lotes ou datas na vila e melhoravam as condições de vida. Assim, aos primeiros colonos, muito pobres, sucedem-se famílias e migrações de pessoas de mais posse se somam às dos colonos antigos. Diferencia-se e amplia-se a produção. Passaram a nascer, no núcleo da vila, as atividades terciárias, caracterizando, em pouco tempo, o núcleo urbano desenvolvido. Mais três anos, depois da função de distrito, nasce o município, que teria a denominação restrita para Rio Claro. Razões técnicas e anti-religiosas determinaram a mudança da denominação. De qualquer forma, nasceu o município, pela Lei n.º 4.161, de 20 de dezembro de 1979:
"Artigo 1º - Fica elevado à categoria de município, com o nome de Rio Claro, o distrito de São José do Rio Claro, criado como unidade integrante do município de Diamantino, pela Lei n.º 3.734, de 04 de junho de 1976...
Artigo 2º - Nos termos da Lei Complementar Federal n.º 1, de 09 de novembro de 1967, o município de Rio Claro será instalado no dia 314 de janeiro de 1981, com a posse do prefeito, vice e vereadores a serem eleitos o dia 15 de novembro de 1980."
A denominação de Rio Claro tinha origem no acidente geográfico do rio homônimo, distante 11 km da sede do município, pelo lado leste, seguida a via de acesso à cidade. Entretanto, o povo não se conformou com os arranjos de um pequeno grupo e exigiu a alteração da denominação, voltando à denominação antiga, mesmo mais extensa, mas de acordo com a forma original de vida do povo. A Lei n.º 4.294, de 19 de maio de 1981, processou a alteração de denominação de Rio Claro para São José do Rio Claro.