O povo kayabí vivia no território do município de Porto dos Gaúchos desde tempos imemoriais. Hoje este povo indígena vive na área Indígena Kayabi, na margem direita do Rio dos Peixes, municípios de Juara. No tempo de primeiros contatos com medidores de terras, os índios foram tomados em desespero. Tal medição abriu picadas chegando às raias do pátio das aldeias. Esta situação deixou o povo indígena desorientado chegando a revidar a invasão, passando a atacar pessoas. Ficou famoso o "caso da Baiana", que depois de ferida foi socorrida pelos próprios índios, que a salvaram da morte. Inúmeras foram as expedições que sulcaram as águas do atual município de Porto dos Gaúchos.
A região de Porto dos Gaúchos passou a Ter vida sob o impulso do governo do Estado de Mato Grosso, a partir de leis colonizadoras, de 1948 em diante. A primeira caravana composta de futuro compradores de terras em Mato Grosso, partiu da cidade gaúcha de Santa Rosa, a 23 de março de 1955. A viagem demorou 41 dias, chegaram a 3 de maio de 1955, data em que se comemora a fundação de Porto dos Gaúchos.
Em 1957, deu-se a inauguração de três escolas, duas igrejas católicas, uma evangélica e um luterana. Dentre outros benefícios, a colônia recebeu a construção de um hospital e de um hotel - ambos pioneiros no sertão. A 7 de março de 1958 ocorreu a ligação rodoviária, entre Porto dos Gaúchos e a capital mato-grossense.
A Lei n.º 1.945, de 11 de novembro de 1963, de autoria dos deputados Walderson Coelho e Ágapito Boeira e sancionada pelo governador Fernando Corrêa da Costa, criou o município:
"Artigo 1º - Fica criado o município de Porto dos Gaúchos, desmembrado do município de Diamantino...
Artigo 4º - O município de Porto dos Gaúchos terá sua Câmara Municipal composta de cinco vereadores, até disposição em contrário."
O primeiro prefeito foi o fundador do município - Guilherme Meyer, que tomou posse em 12 de maio de 1965.