É região que foi imemorialmente habitada por povos das nações cintalarga, rikbatsa e ena-wenê-nawê. O território do município de Juína abriga duas enormes áreas indígenas e ainda a Estação Ecológica Iquê-Juruena.
O início da povoação aconteceu através da construção da rodovia AR-1, que liga a cidade de Vilhena, no Estado de Rondônia à de Aripuanã, que na década de setenta era de dificílimo acesso, sendo conhecida por "Terra Esquecida".
A colonização de Juína começou a partir de 1978, quando inúmeras famílias, especialmente do centro-sul do país, migraram para esta região.
Em virtude do crescimento acelerado e acentuado, em 10 de junho de 1979, através da Lei n.º 4.038, foi criado o distrito de Juína, com território jurisdicionado ao município de Aripuanã. A Lei n.º 4.456, de 09 de maio de 1982, de autoria do deputado estadual Oscar Ribeiro, criou o município de Juína, com área de quase 30 mil quilômetro quadrados, desmembrado do município de Aripuanã. A instalação foi no dia 31 de janeiro, sendo primeiro prefeito eleito o professor Orlando Pereira.
Em 1988, foi criada a Delegacia Regional de Educação de Juína, através do Decreto n.º 5.298.
A partir de 1976, foram descobertas ricas jazidas diamantíferas na região, através de pesquisas identificadas pela SOPEMI - Sociedade de Pesquisas Minerais e pelo Projeto RADAMBRASIL. A garimpagem de diamante acabou fazendo história em Juína.
Desde a instalação oficial do município, Juína tem se desenvolvido de forma extraordinária, apesar das dificuldades inerentes à localização da região. Um dos entraves para o crescimento é a questão energética, apesar da usina hidrelétrica do Rio Aripuanã Ter entrado em funcionamento, não atendeu à demanda necessária. Apesar de ser o maior produtor de diamante industrial do país, e seu subsolo abrigar ricas jazidas, que segundo pesquisas seriam necessários 50 anos para sua exploração, o setor encontra-se desmotivado. O município tem forte tendência para evolução no campo da pecuária, e as culturas perenes de guaraná, seringueira, cacau e mesmo o café, que tiveram incentivo na década de oitenta, encontravam-se em meados dos anos noventa, em franca decadência.