Salinas da Margarida foi uma antiga aldeia de índios tupinambás. Entretanto, com a colonização portuguesa, parte das terras passou a pertencer à Capitania dos Portos de Salvador.
O comendador Manoel de Souza Campos comprou essas terras e implantou duas fazendas, a "Santa Luzia" e a "Conceição".
Durante uma viagem a Portugal, o Comendador Campos visitou a cidade de Aveiro onde conheceu algumas salinas. Percebendo as condições climáticas favoráveis e a rentabilidade dessa atividade, decidiu implantar nessas fazendas a extração de sal (salinas).
Porém, existia um obstáculo, o Comendador Campos não tinha conhecimento suficiente e/ou experiência, por isso resolveu trazer o técnico José Soares para auxilia-lo nesta atividade. Em sociedade com o Comendador Horácio Urpia Júnior implantaram as primeiras salinas, no ano de 1885, no aldeamento do Porto da Margarida (em uma das suas propriedades).
O desenvolvimento do povoado foi incentivado a partir de 1989, quando o comendador Campos implantou um sistema de mecanização das salinas. A industrialização do sal atraiu muitos operários, dando lugar à formação e desenvolvimento do lugarejo que inicialmente chamou de Salinas e, posteriormente, Salinas da Margarida.
Os primeiros Povoados foram: Arraial do Dourado, Caperengo, Queimadas, Região da Mangueira (Criola) e Porto da Telha (Dendê).
A história da origem do nome "Salinas da Margarida" é bem singular, foi derivada da principal atividade econômica do local - extração mineral de sal "salinas". Quanto à origem do vocábulo Margarida há controvérsias, existem duas versões difundidas popularmente.
A primeira baseia-se do desejo do Comendador em homenagear a esposa. O que segundo as pesquisas realizadas pelo jornalista Almir de Oliveira - autor do livro Salinas da Margarida Notícias Históricas, mostrou ser uma inverdade. O Comendador só teve uma esposa, cujo nome é Guilhermina. Com ela teve três filhos, Manoel Filho, Leonor e Porcina. O mesmo autor destaca ainda que se tratando de uma homenagem à esposa ela deveria ter sido homenageada com o nome da salina mais produtiva, no caso Salinópolis e não a de Margarida.
Vele ressaltar que em pesquisa junto ao IBGE (Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística) em Salvador, o autor encontrou um documento onde estava escrito que a esposa do Comendador chamava-se Margarida Campos, cujo nome teria sido dado às Salinas e o mesmo estendeu-se por todo o povoado, vila e cidade. Uma inverdade já que o referido autor descobrira se casou uma única vez, falecendo anos antes de Guilhermina (portanto não se casando novamente).
A segunda versão baseia-se na informação de que no local, ou bem próximo do local onde uma das salinas foi implantada, residia uma senhora de prenome Margarida. O autor enumera várias razões para refutar essa afirmação: não há fundamento lógico em homenagear uma desconhecida dando-lhe o nome da maior empresa baiana do final do século XIX e princípio do século XX; o proprietário das terras (contidas no documento de compra e venda) é a Capitania dos Portos e não a senhora Margarida; a Companhia Salinas da Margarida foi construída somente em 1891 e a mesma área de terra já tinha a denominação de Ponto da Margarida em 1823 (68 anos antes da empresa existir) quando serviu de acampamento militar durante a luta pela Independência da Bahia; um inventário conhecido em 1755 pela Secretaria do Estado do Ultramar, solicitado ao Arcebispado da Bahia e escrito pelo Vigário João Baptista atualmente encontrado na Biblioteca Nacional do Rio de Janeiro (inventário dos documentos relativos ao Brasil existentes no arquivo da Marinha e Ultramar de Lisboa organizado para a Biblioteca) onde o vigário faz referência a esse local informando textualmente que neste sítio (Ponta da Margarida) residia somente um morador.
O autor levanta uma possibilidade para a origem do nome Margarida. Faz menção à época do desbravamento da área. Como o acesso era feito exclusivamente através do mar, o navegador ao aproximar-se da terra teria percebido uma enorme quantidade de Margarida (também conhecida regionalmente pelo nome Malmequer) que dava um colorido ao local, dando-lhe uma característica própria. Hipoteticamente é provável que vendo vastos campos de flores amareladas (que de longe se assemelhava a um tapete Dourado) e a outra área situada mais adiante optou-se por usar o vocábulo Margarida.

Salinas da Margarida passou a Distrito de Itaparica em 15/11/1901. Aos 27/07/1962, o Sr. Manoel Dias de Albuquerque redigiu a proposta de Emancipação, apresentando-a ao Deputado Estadual Padre Luís Palmeira. Salinas, então, foi emancipada desmembrando-se de Itaparica através do Decreto da Lei Estadual nº 1755, de 27/07/1962. sancionadas pelo Governador G.A.L. Juracy Magalhães e o Desembargador Adalicio Nogueira.
Salinas ficou sob o domínio de Itaparica, até 04/04/1963, quando foi empossado seu primeiro prefeito, Sr. Manoel Dias de Albuquerque e instalada a Câmara de Vereadores , composta por Almir Erotildes Teixeira (Presidente), Conceição Ferreira do Nascimento, Eunápio Amorim, Taurino Luís de Mendonça, Grimaldo Antônio de Oliveira, Leonardo José de Santana, Jaime Gomes de Cerqueira, Juracy Evangelista Belmonte e João Ferreira Joazeiro que exerceram suas funções no período de 1963 a 1966.

Colaboração: Alunas - Aline Ferreira, Caren Dallarosa, Clarissa de Vasconcelos, Katarina Menezes e Márcia Daniela, da Faculdade de Turismo da Bahia.