A primeira exploração das terras de Entre Rios ocorreu no século XVI, com concessão de sesmarias à Casa da Torre de Garcia D"Ávila. As margens dos rios Joanes, Inhambupe e Itapicuru foi iniciada uma povoação e erguida uma capela, tendo sido criada, pouco tempo depois, a freguesia de Nossa Senhora dos Prazeres de Inhambupe e o distrito de mesmo nome pela Resolução provincial nº. 308, de 1º. de julho de 1848. A vila foi criada pela Lei provincial nº. 1.178, de 3 de abril de 1872, que criou o município com o nome de Entre Rios, desmembrado de Inhambupe, instalado em 23 de agosto de 1873. A Vila de Entre Rios recebeu a categoria de cidade através do Decreto-lei estadual nº. 10.724, de 30 de março de 1938.
