Depois da expulsão dos índios da região por Mem de Sá, tormou-se possível colonizar a área onde hoje encontra-se a cidade de Cachoeira. Rodrigo Martins instalou um engenho na margem esquerda do Rio Praguaçu, em local pouco acima do atual sítio urbano.Cerca de 1595, Álvaro Rodrigues Adorno se instalou no local da cidade.
Na primeira metade do século XVII, os ataques dos índios impediram o desenvolvimento do núcleo até os meados desse século, quando o Capitão - Mor Gaspar Rodrigues Adorno foi desbaratar os silvícolas, e como recompensa recebeu quatro léguas de terras que incluíam os riachos de Pitanga e Caquende. Em 1674 foi criada a freguesia de Nossa Senhora do Rosário do Porto de Cachoeira, desmembradada de Santiago do Iguape. Com base na Carta Régia de 27 de Setembro de 1693, a cila foi instalada em 1698, a segunda da província.
No início do século XIX foi considerada a mais rica, populosa e das mais agradáveis por Spix e Martius. Sua liderança política durante as lutas da Independência, lhe valeu ser a sede da junta governativa e do Governo Provisório. Foi elevada a cidade em 1837. Em fins do século passado sofreu grande recessão e chega a perder 25% de sua população.
A partir de 1924 é atingida por uma nova crise resultante de problemas na agroindústria fumageira e de reestruturação do Sistema Viário Estadual, que veio marginalizar seu porto.Em 18 de janeiro de 1971, o Governo Federal converteu Cachoeira em Monumento Nacional. Cachoeira possui três distritos: a sede, Belém da Cachoeira e Santiago do Iguape. Localiza-se na Mesorregião Metropolitana de Salvador e Microregião de Santo Antônio de Jesus. Fica 109Km de Salvador. O nome Cachoeira tem sido bastante discutido entre os estudiosos, pois o Rio Pararguaçu não possui grandes quedas d'água.
